La vremea aceea, Roma, cea mai mare dintre puterile vestice, era de asemenea zguduita de un razboi civil. Chiar in momentul in care Cleopatra se pregatea sa-si atace fratele cu o imensa armata formata din arabi, razboiul civil roman a ajuns si in Egipt. Cneus Pompeius Magnus, infrant de Iulius Cezar in Grecia, a fugit in Egipt cautand adapost, insa a fost ucis de agentii lui Ptolemeu al XIII-lea in 47 i.Hr.. Iulius Cezar a ajuns la scurt timp in Alexandria si, dupa ce a descoperit moartea dusmanului sau, a decis sa restabileasca ordinea in Egipt. Incepand cu secolul precedent, Roma exercitase un control din ce in ce mai mare asupra bogatului regat egiptean, astfel incat Cleopatra a cautat sa-si atinga scopurile politice intrand in gratiile lui Iulius Cezar.
Vezi si Iata cum arata Cleopatra – FOTO
Ea s-a dus la palatul regal din Alexandria si se spune ca i-a fost dusa lui Iulius Cezar infasurata intr-un covor, care i-a fost oferit cadou. Cleopatra, o femeie nu prea frumoasa dar totusi seducatoare, a atras atentia puternicului lider roman, acesta fiind de acord sa participe la razboiul civil egiptean de partea ei. Cleopatra iese invingatoare din acest conflict si ramane la domnie alaturi de un alt frate de-al sau, Ptolemeu al XIV-lea. Arsinoe, care fusese aliata lui Ptolemeu al XIII-lea in lupta, a fost luata la Roma de Iulius Cezar, apoi dusa intr-un templu, unde a trait pana in anul 41 i.Hr., cand avea sa fie executata din ordinul lui Marc Antoniu.
Vezi si Misterioasa moarte a Cleopatrei
In iunie 47 i.Hr. Cleopatra a avut un fiu, despre care a pretins ca este al lui Iulius Cezar si pe care l-a botezat „Cezarion” („micul Cezar”). La intoarcerea lui triumfala la Roma, Iulius Cezar a fost intampinat de Cleopatra si Cezarion. Sub auspiciile negocierii unui tratat cu Roma, Cleopatra a locuit intr-o vila detinuta de Iulius Cezar, situata in afara capitalei. Dupa ce Iulius Cezar a fost asasinat in martie 44 i.Hr., Cleopatra s-a intors in Egipt. La scurt timp dupa intoarcerea Cleopatrei, Ptolemeu al XIV-lea a murit, probabil otravit de sora sa. Regina si-a adus fiul la domnie alaturi de ea, sub numele de Ptolemeu Cezarion al Egiptului (Ptolemeu al XV-lea Caesar).